南通城市轨道交通有限公司于2016年12月19日成立，为市属一类国有企业。南通城市轨道交通有限公司运营分公司于2020年7月30日注册成立。南通城市轨道资源开发有限公司于2020年5月19日注册成立。 南通城市轨道交通1号线一期工程线路全长约39.1km，均采用地下敷设方式，共设28座车站，已于2017年12月18日开工，计划于2022年开通试运营。2号线一期工程已于2018年10月26日开工，线路全长约20.8km，共设17座车站，预计2023年开通试运营。